ctDNA

ctDNA标准品简介

循环游离DNA(cfDNA)是释放到血浆中的降解的DNA片段。cfDNA包括各种形式的DNA,包括循环肿瘤DNA(ctDNA)和胎儿游离DNA(cffDNA)。ctDNA已被证明是癌症和胎儿医学以外的众多疾病的生物标志物,包括但不限于创伤,败血症,无菌性炎症,心肌梗塞,中风,移植,糖尿病和镰状细胞病等。

菁良基因生产的ctDNA标准品来源于具有完整溯源性文件的细胞系,之后用基因编辑或者细胞筛选的方法,使细胞具有精确控制的突变位点和突变频率,这样再通过特定工艺进行DNA打断后的,160bp左右的ctDNA片段就具有明确的突变位点和等位基因突变频率,也因此ctDNA标准品具有高度的特异性和可重复性。

ctDNA标准品原材料

菁良基因的ctDNA参考标准品来源于具有特定突变频率(25%/33%/50%/75%/100%突变体)和匹配的“正常”(0%突变体)细胞系。 突变细胞系都是杂合子,在大多数情况下,这表示存在单个突变等位基因和单个正常等位基因。

当拷贝数为1N的时候,100%突变频率表示对应的基因位点发生突变,0%突变频率表示没有发生突变,就是野生型。当拷贝数为2N时,100%突变表明ctDNA来源的细胞中100%含有该突变。如果该细胞中两个拷贝基因中只有一个含有突变, 则该突变具有50%的等位基因频率。拷贝数为3N且具有单个突变等位基因的基因型的等位基因频率为33.3%。

基于以上原理,我们可以精确地混合突变体和“正常”DNA以产生具有特定等位基因频率的ctDNA标准品。

ctDNA片段分布

我们比较了菁良基因2个ctDNA标准品及真实血浆游离DNA的片段分布,如下图所示

成品-20190709.png

ctDNA标准品种类

菁良基因ctDNA标准品有如下几种:

SNV变异组合的阳性标准品

结构变异组合的阳性标准品

阴性对照品

编号 产品名称 产品编码 疾病种类 规格 浓度
1 肿瘤结构变异 5% ctDNA标准品 GW-OCTM001 肺癌 500ng/管 20ng/µl
2 肿瘤SNV 1% ctDNA标准品 GW-OCTM002 肺癌 500ng/管 20ng/µl
3 肿瘤SNV 5% ctDNA标准品 GW-OCTM003 肺癌 500ng/管 20ng/µl
4 肿瘤SNV 野生型 ctDNA 标准品 GW-OCTM005 肺癌 500ng/管 20ng/µl
5 肺癌ctDNA标准品套装 GW-OCTM009 肺癌 500ng/管*3 20ng/µl
6 肿瘤SNV 5% ctDNA标准品Ⅱ GW-OCTM010 肺癌 500ng/管 20ng/µl