关于我们

ABOUT US

新闻详情

知名IVD公司测试菁良基因0.5% ctDNA标准品结果分析

·       菁良即将推出0.1% ctDNA标准品

·       联合业内知名IVD检测公司测试0.5% ctDNA标准品

·       测试结果展示标准品如何监控并验证检测流程的稳定性

·       低频位点设计可以监控检测公司检测能力和检测限

 

随着自有实验室生产能力的完善,菁良基因陆续推出了一系列的肿瘤检测标准品。应广大客户的要求,菁良即将推出0.1% ctDNA标准品。在正式推出低突变频率ctDNA标准品前,菁良联合业内知名IVD公司N就提前生产的0.5% ctDNA标准品样品进行了测试。

 

0.5% ctDNA标准品样品信息

image.png

知名IVD 公司N检测方法

测试原材料:

产品形式:ctDNA

浓度:20ng/µl

实验方案:取三次阳性参考品进行目标区域测序,并且配以相应的阴性参考品作为对照。

建库起始量:30ng/次

建库方法:KAPA Hyper Prep kit

捕获方法:IDT xGen® Probes Panel

测序平台:illumina NovaSeq 6000

测序策略:PE150

 

结果分析

检测准确性

将三次阳性样本变异检测数据结果取平均值,并验证检测值是否在误差范围内

image.png


由上图可以看出:NRAS Q61K位点的检测AF超过了上限,偏离了23.1%;并且三次测量中有两次并未检测到该点,唯一一次检测到的值(如图示)落在范围之外;有可能是该点的特殊结构导致了建库偏差,从而影响了测序准确性。其余7个位点皆分布在检测上下限之内。

 

检测稳定性

我们将每个位点对应的三次检测结果,进行分析,做出AF分布箱线图。

 

image.png

由上述两位点AF分布箱线图,我们可以看出所有三个批次的浓度和AF检测值,皆分布在上下限范围之内,并没有异常的数据出现,且分布稳定,均匀。并且其他4个位点的AF分布箱线图也和上述情况类似,表明该公司在大多数位点检测流程稳定。

image.png


从上述EGFR T790M AF箱线图(左)可以看出,整体检测结果偏下限,表明该点存在偏高的异常值;从NRAS Q61K (右)箱线图可以看出,检测值只有上限无下限,表示该点检测流程极不稳定,也不准确。

 

结论

在上述测序条件下,该公司的NGS检测流程的ctDNA突变频率检测下限可以达到千分之五,并且绝大多数位点检测结果稳定可靠。

 


联系我们:

地址:深圳市盐田区海山街道深盐路2002号大百汇高新技术工业园二期3栋8层

电话:0755-25167062

邮箱:info@gene-well.com

扫描二维码,同步资讯和最新活动

Copyright© 2018GeneWell All Rights Reserved.
菁良基因科技公司 版权所有 粤ICP备19000466号