评价HRD的方法
HRD在卵巢癌中的发生率比较高。进一步了解HRD从而识别BRCAness表型存在可使更多的患者受益于PARPi的治疗。目前，有两种主要方法来确定可能对PARPi敏感的肿瘤患者。第一种方法是检测BRCAm或HRRm，来确定HRD的原因。第二种方法是通过HRD对细胞基因组产生影响的表征，直接确定HRD导致的结果，例如基因组瘢痕和临床治疗中对铂类的敏感。基因组瘢痕是由于HRD会引起基因组的特征性变化，如果观察到这种变化，可以假定它们的起源是HRD。还有一种是转录表达标志物的检测，例如转录本分析，蛋白表达及功能分析等，但此方法应用并不广泛。
目前FDA批准的适用于HRD检测的CDX Panel仅有两款，分别是FoundationFocus CDx BRCA LOH Assay和Myriad myChoice HRD。Myriad myChoice HRD通过分析染色体的3种异常：端粒的等位基因不平衡(TAI)、杂合性丢失(LOH)以及大片段迁移(LST)，计算LOH、TAI、LST三个指标在肿瘤样本中出现的数量，≥42分定义为HRD阳性。F1CDx则通过覆盖22条染色体上324个基因的3500个SNP，计算发生LOH的片段占整个基因组的比例。
HRD检测产品开发与申报
国内则刚刚起步，尚没有NMPA批准的HRD检测产品，不过各大肿瘤基因检测公司也在积极布局HRD产品的开发与申报。
那么，HRD检测产品开发与申报中会遇到哪些问题呢？给大家分享一下中检院黄杰研究员带来的“同源重组修复缺陷（HRD）检测产品开发与申报中的思考”中的有关内容。（PPT内容来源于CSCO 2020线上卫星会，供大家参考）
HRD不同的检测策略或技术路线：
1）基于WGS/WES的检测路线
2）基于SNP的检测路线
3）基于HR基因的检测路线
目前可以开发的HRD检测产品：
1）HR相关基因突变：
g/sBRCA突变，FDA批准作为伴随诊断；
HRR基因突变，FDA批准作为伴随诊断；
2）基因组瘢痕检测：
FoundationFocus CDx BRCA LOH Assay：FDA批准作为补充诊断；
Myriad Genetics myChoice HRD：FDA批准作为伴随诊断等；
3）实时标志物：
转录组及蛋白表达的检测等；
性能验证中可能遇到的困难问题：如何标准化？HRD一定程度上是个算法，这个标准化怎么做？
1）不同肿瘤阈值的标准化
2）不同算法的标准化
3）性能指标验证方法的可操作性
如何验证呢？各家采用的方法都是不一样的，LOH、TAI、LST作为标志物或HRD算法作为标志物验证？标准品也很难找到，验证方法如何去选择？产品评价参考品需要与各家申报机构和研发单位沟通，看如何选择可靠的一致性评价参照。
菁良解决方案
根据评价HRD的常见两种方法：检测与HRR通路相关的基因突变，或者基因组瘢痕，我们也对应提供了两种相关标准品。
01.HRR通路基因突变标准品
常见于HRR通路有关的基因
如果CDx Panel是检测BRCAm或HRRm来确定HRD，菁良可提供上述相关基因突变的gDNA，ctDNA或者FFPE形式的HRR标准品。
产品特点
涵盖基因丰富，包含HRR通路大部分基因：>24 个HRR相关基因，>170 个突变位点
可提供Pathogenic,likely Pathogenic,VUS,likely benign, benign多种临床意义的突变位点
突变频率可定制范围广：AF：0%-100%
细胞系来源，能更好地模拟临床样本
灵活的定制方案：可定制化混合特定的panel及突变频率
多种产品形式可选：gDNA、ctDNA、FFPE
位点经ddPCR验证，精确定量AF
质量认证：ISO9001
02.HRD标准品
如果CDx Panel中HRD状态是通过检测基因组瘢痕，也可选择菁良提供的通过HRD 基因组瘢痕的检测方法来评估HRD状态的标准品。例如通过LOH，LST，TAI的综合评分，来计算HRD 分值。同时，菁良基因也可提供HRD panel性能验证的各种参考品，例如特异性，灵敏性，精密度，抗干扰能力验证参考品。
产品特点
通过开源的生信流程对LOH，LST，TAI的综合评分
HRD score 分布广：10~120
可提供配对的HRD标准品,可更好计算HRD score
细胞系来源，最大限度模拟临床样本
多种产品形式可选：gDNA、ctDNA、FFPE
质量认证：ISO9001
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技术支持热线：0755-25167057
华东区销售经理：13795223824
华北区销售经理：18515375352
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参考资料：
Pellegrino B , Mateo J , Serra V , et al. Controversies in oncology: Are genomic tests quantifying homologous recombination repair deficiency (HRD) useful for treatment decision making[J]. Rmd Open, 2019.
禚昌龙, 陈维艳, 龙琦, 夏宜馨, 王灵巧, 杨桓, 曹佳, 周紫垣, 张爱华. 同源重组修复通路基因遗传变异与结直肠癌易感性的关联研究[J]. 第三军医大学学报, 2019, 41(18): 1769-1775.
Pellegrino B , Mateo J , Serra V , et al. Controversies in oncology: Are genomic tests quantifying homologous recombination repair deficiency (HRD) useful for treatment decision making[J]. Rmd Open, 2019.
Li X , Heyer W D . Homologous recombination in DNA repair and DNA damage tolerance[J]. Cell Res, 2008, 18(001):99-113.
黄杰.,同源重组修复缺陷（HRD）检测产品开发与申报中的思考，PPT，CSCO雅康博卫星会,20200924.
